Charles IX monte sur le trône à 10 ans, suite à la mort prématurée de son frère François II, le 5 décembre 1560. Sa mère, l'énergique Catherine de Médicis, préside le conseil de régence avec le souci constant de préserver l'avenir de la dynastie, menacée par les tensions religieuses entre protestants et catholiques.
Malheureusement, celles-ci tournent à un affrontement armé suite à un massacre de protestants à Wassy par le duc François Ier de Guise, en 1562. Il s'ensuit trois «guerres de religion» jusqu'à la paix de Saint-Germain, le 8 août 1570, qui accorde des conditions avantageuses aux protestants. Leur chef, l'amiral Gaspard de Coligny, se rapproche du roi, devenu majeur, et tente de l'entraîner dans une guerre avec le roi d'Espagne.
La petite bourgeoisie catholique des villes s'émeut et menace de se livrer aux Guise. Pour sauver la dynastie, la reine Catherine de Médicis se retourne contre les protestants. Le 24 août 1572, jour de la Saint- Barthélemy, une semaine après que sa fille Margot ait épousé l'un de leurs chefs, Henri de Navarre, futur Henri IV, elle ordonne le massacre des protestants présents à Paris. La population s'en donne à coeur joie et la tuerie s'étend aux provinces.
