Pendant les 40 années qui suivent les premières prédications de Luther, de nombreux Français des classes aisées se rallient à la religion protestante (on dit aussi «réformée») sans que cela trouble outre-mesure la paix civile.

Les choses se gâtent après la mort tragique du roi Henri II, en 1559. Le défunt n'ayant que de jeunes enfants pour lui succéder, sa veuve Catherine de Médicis assure la régence. Les protestants français veulent tirer avantage de cet affaiblissement de la monarchie.

Issus de l'élite de la noblesse et de la bourgeoisie, certains de ces protestants, disciples de Calvin plutôt que de Luther, sont séduits par le modèle de république oligarchique dont leurs coreligionnaires hollandais donnent l'exemple. Ils songent à l'implanter en France.

De leur côté, certains nobles catholiques aspirent à imposer leurs volontés à la famille royale.

Les premières dissensions apparaissent du fait de l'influence de la famille catholique des Guise sur le jeune roi François II.

Jaloux de cette influence, des conjurés protestants tentent à Amboise, en 1560, d'enlever le roi.

Il va s'ensuivre pendant plus de trois décennies, de 1561 à 1598, une alternance de massacres et de trêves qui met principalement aux prises les gentilshommes (ou nobles) des deux religions (huit «guerres» au total)... La famille royale est ballotée entre les deux camps et menacée par l'un autant que par l'autre.

Près de deux millions de victimes, soit un dixième de la population, peuvent être considérées comme victimes des troubles, davantage du fait des famines, des maladies et des disettes que des guerres proprement dites.

L'édit de Nantes du 30 avril 1598 consacre la paix religieuse en faisant une place aux protestants. Avec la paix de Vervins, la même année, les Espagnols quittent le pays. La France peut enfin se remettre sur pied.