Pendant la première moitié du XIIIe siècle, le Midi toulousain, de la Garonne au Rhône, endure une succession de tragédies qui vont conduire à sa ruine et à la perte de son autonomie. Le motif en est la guerre contre les hérétiques aujourd'hui connus sous le nom de cathares, nombreux dans la région.

Dénommée croisade contre les Albigeois, cette guerre bénéficie de l'onction du pape. Elle va avoir raison de l'hérésie mais son effet le plus tangible sera l'annexion de la région au domaine capétien (ce qui deviendra la France).

Originaires de l'Italie du nord, les cathares recueillent depuis un demi-siècle un succès croissant dans le Midi toulousain en raison de leur doctrine simple et exigeante, fondée sur l'opposition entre le Bien et le Mal. Elle s'inspire de l'enseignement d'un prédicateur perse du nom de Mani (ou Manès) qui a vécu mille ans plus tôt (d'où le nom de manichéisme donné aux différentes doctrines issues de sa pensée).

Les cathares considèrent que l'Église officielle a trahi sa mission dès le pontificat de Sylvestre 1er, sous le règne de l'empereur Constantin le Grand, 900 ans plus tôt ! Ils ne reconnaissent pas le dogme et les enseignements de l'Église catholique mais se revendiquent eux-mêmes chrétiens et se désignent sous cette appellation ou encore sous celle d'amis de Dieu. Mais ils condamnent l'Ancien Testament et tout ce qui concerne la création du monde terrestre, attribués à une puissance néfaste, le diable.

Ils voient dans le Nouveau Testament l'oeuvre du véritable Dieu parce que, par la voix de Jésus-Christ, il annonce le «Royaume de Dieu», lequel n'est pas de ce monde. Pour eux, Jésus ne peut pas être Dieu fait homme ni avoir de nature humaine comme le prétend l'Église catholique car cette nature est mauvaise comme le créateur qui en est à l'origine. Ils tiennent pour indigne de considérer qu'il ait pu en tant que Dieu subir le supplice de la croix. Jésus est un ange ou un fantôme (en grec phantasma), sans véritable enveloppe charnelle.

Pour les cathares, les hommes sont des âmes que le diable a emprisonnées dans une enveloppe charnelle. Après la mort, les bienheureux ont le privilège de voir leur âme réunie à leur «corps glorieux» qui est resté au ciel, auprès de Dieu.

Les cathares ne reconnaissent qu'un seul sacrement, le «consolamentum», qui efface toutes les fautes passées et garantit la vie éternelle. Celui-ci n'étant donné qu'une fois, seuls les Bonshommes et les Bonnes Femmes (appellation usuelle des prédicateurs cathares) se sentent assez fermes dans leur foi pour le demander en pleine force de leur âge. Les fidèles d'un naturel peu religieux, quant à eux, font en sorte de l'obtenir seulement dès qu'ils sentent venir la mort, afin de ne pas mourir en état de péché.

Les prédicateurs cathares du Midi sont servis par l'image déplorable que donne du catholicisme le clergé local. Prélats et curés se vautrent volontiers dans la luxure mais ne s'en montrent pas moins exigeants à l'égard de leurs ouailles en termes de morale. Au contraire, les parfaits (nom usuel que les inquisiteurs donnent aux Bonshommes et Bonnes Femmes) affichent une austérité irréprochable, empreinte de douceur et de sérénité mais témoignent d'une grande compréhension envers les écarts de conduite de leurs fidèles. Ils vivent chastement et s'interdisent toute nourriture carnée, prenant au pied de la lettre le commandement biblique : «Tu ne tueras point».

Le catharisme tire sa force moins du nombre de ses adeptes que de sa diffusion dans les classes supérieures. «Loin d'être une religion populaire, c'est la religion d'une minorité. Mais cette minorité est celle des puissants : aristocratie rurale et élites urbaines,comme, à Fanjeaux et en de très nombreux autres lieux, les coseigneurs et les consuls réunis», souligne l'historien Michel Roquebert.

Contre les hérétiques, Saint Bernard de Clairvaux, conseiller des rois et prédicateur de la deuxième croisade en Terre sainte, tente sans succès de réveiller les consciences catholiques. Lui-même se plaint de trouver des églises désertées par les fidèles.

Le concile oecuménique Latran III, en 1179, prend acte des progrès de l'hérésie dans le canon 27 que cite Michel Roquebert dans son Histoire des cathares : «Dans la Gascogne, l'Albigeois, le Toulousain et en d'autres lieux, la damnable perversité des hérétiques dénommés par les uns cathares, par d'autres patarins, publicains, ou autrement encore, a fait de tels progrès...».

En 1206, suite à une rencontre inopinée avec les représentants du pape sur une route du Languedoc, l'évêque castillan Diego d'Osma et son chanoine Dominique de Guzman (ou de Caleruega) tentent à leur tour de remettre les hérétiques dans le droit chemin.

Le futur Saint Dominique donne l'exemple de la pauvreté évangélique. Comme les parfaits, il parcourt pieds nus les campagnes. Il fonde dès 1206 à Fanjeaux, petite ville du Lauragais, un monastère avec d'anciennes hérétiques converties puis à Toulouse, en 1216, une communauté de frères prêcheurs dont les membres sont aujourd'hui connus sous le nom de dominicains. Mais ses prédications se révèlent impuissantes à éradiquer l'hérésie.

Celle-ci, qui bénéficie de la protection bienveillante des seigneurs, arrive même à se structurer en Église véritable, avec quatre évêchés : Albi, Agen, Toulouse et Carcassonne. C'est en définitive la croisade qui en aura raison.