Le 13 janvier 1898, Émile Zola publie une lettre ouverte au président de la République dans L'Aurore sous le titre «J'accuse».

Dans ce texte virulent qui occupe la première page du quotidien, le célèbre écrivain dénonce les manigances qui entourent le procès du capitaine Alfred Dreyfus, accusé à tort d'espionnage, et l'acquittement par le conseil de guerre, trois jours plus tôt, du capitaine Esterhazy, le vrai coupable.

Ce faisant, Émile Zola, riche et comblé d'honneurs, prend sciemment à 48 ans le risque de se faire arrêter et condamner pour diffamation publique.

Son article fait d'emblée l'effet d'une bombe. Dès le lendemain a lieu une «pétition des intellectuels» en soutien de l'écrivain. Cette pétition est une première dans l'Histoire de France.

Zola reçoit par ailleurs le soutien empressé de Georges Clemenceau, qui tient une chronique dans L'Aurore depuis que le scandale de Panama l'a exclu de la vie parlementaire.

Sincèrement indigné, le «tombeur de ministères» saisit l'occasion de faire sa rentrée politique en s'en prenant selon son habitude au gouvernement en place.

Le 23 février 1898, Émile Zola est traduit en cour d'assises et condamné à un an de prison. Mais l'affaire prend de l'ampleur et met l'opinion publique en ébullition.

En août, coup de théâtre ! Le colonel Henry, qui a décrypté le bordereau à l'origine de l'Affaire, met au jour un nouveau document. Mais un examen minutieux révèle des anomalies...

Le 30 août, le colonel est convoqué par le ministre de la guerre auquel il avoue avoir «arrangé les choses». Emprisonné , il se suicide le lendemain dans sa cellule... grâce à la bienveillance de ses gardiens qui, contrairement aux usages, lui ont laissé de quoi se tuer (un rasoir).

Devant le scandale, le ministre est contraint à la démission et son remplaçant consent à la révision du procès de Dreyfus qui rentre enfin du bagne.

Un procès se tient à Rennes dans une atmosphère houleuse.

Le 9 septembre 1899, la cour militaire reconnaît à nouveau Dreyfus coupable de haute trahison, mais le condamne seulement à dix ans de réclusion en raison de «circonstances atténuantes» (!).

Le président de la République Émile Loubet grâcie Dreyfus dès le 19 septembre mais l'ancien capitaine exige un acquittement complet.

L'émotion provoquée par l'Affaire concourt à la formation d'un bloc républicain et relance le principe d'une laïcisation complète de l'État, en latence depuis l'époque de Jules Ferry, vingt ans plus tôt. C'est ainsi que la loi de séparation des Églises et de l'État est enfin votée après d'ardents débats le 5 décembre 1905.

Enfin, le 12 juillet 1906, l'Affaire trouve son épilogue avec un arrêt de la Cour de Cassation qui casse le jugement du 9 septembre 1899. Dreyfus est définitivement innocenté. Il est fait chevalier de la Légion d'honneur dans la cour de l'École militaire le 21 juillet 1906.

Picquart, que Clemenceau considère comme le véritable héros de l'Affaire car il a risqué sa carrière au nom de la justice et de l'honneur, est promu au grade de général et devient tout bonnement ministre de la Guerre dans le gouvernement du «Tigre» (surnom de Clemenceau).

L'Affaire sera close avec le transfert des cendres de Zola au Panthéon le 4 juin 1908.

Par le fait que Dreyfus est issu d'une riche famille israélite, le camp antidreyfusard ne tarde pas aussi à attiser un antisémitisme d'un genre nouveau, à la fois national et laïc.