Le pape Paul III convoque en 1542 un grand concile oecuménique à Trente.

Ce concile débute officiellement le 13 décembre 1545. Le pape lui donne pour objectif de revigorer l'Église catholique.

C'est qu'après le départ d'une partie de ses ouailles à l'appel de Luther, Calvin, Zwingli et quelques autres, le Saint-Siège a compris la nécessité d'engager une grande réforme au sein de l'Église catholique. Il y est encouragé par le nouvel ordre des Jésuites, énergique et passionné.

Le mouvement va prendre le nom de Contre-Réforme, par réaction à la Réforme protestante.

Le concile impose en premier lieu de strictes règles de conduite au clergé et en particulier aux évêques. Il améliore la formation des prêtres et promeut l'enseignement du catéchisme. Il confirme aussi la préséance du Saint-Siège à la tête de la hiérarchie catholique.

Le concile de Trente clarifie par ailleurs l'interprétation catholique des Saintes Écritures, en particulier le dogme de la justification ou de la grâce : à la différence des luthériens qui estiment que Dieu décide in fine de sauver ou non un homme et de lui accorder la vie éternelle, les prêtres conciliaires précisent que l'homme peut être porté aux bonnes actions salvatrices s'il dispose de la grâce et lui concèdent une certaine marge de liberté.

Le théologien et archevêque de Milan Charles Borromée promeut l'usage du confessionnal, un meuble avec deux compartiments séparés par un rideau, l'un pour le confesseur, l'autre pour le pénitent.

La confession, l'un des sacrements de l'Église catholique, ne se pratique plus de façon publique. Elle devient un exercice intime, sans contact visuel ou physique entre le confesseur et le pénitent. Elle devient aussi plus fréquente. On ne se confesse plus seulement une fois l'an mais tout au long de l'année.

On peut dire que l'Église issue du concile de Trente sera caractérisée par le confessionnal et par la chaire (une estrade d'où le prêtre, lors des offices, s'adresse aux fidèles).

Très vite, le clergé catholique reprend confiance et l'affirme dans la promotion de l'art baroque (*). Dès le milieu du XVIe siècle, des artistes de premier rang, tels Michel-Ange et Rubens, mettent en scène la gloire de Dieu et l'amour de la vie dans la peinture comme dans l'architecture.

Revigorée par le concile de Trente, la Contre-Réforme catholique ne tarde pas à ramener à l'ancienne foi nombre de régions allemandes, surtout en Rhénanie et dans les Alpes. Elle est conduite par les Jésuites, qui bénéficient de l'argent espagnol et de l'appui des successeurs de l'empereur Ferdinand 1er.

La vigueur de la Contre-Réforme attise les querelles entre catholiques et luthériens, notamment à propos des principautés ecclésiastiques.

Quand il se sépare le 4 décembre 1563, le concile de Trente a ravivé la foi catholique partout à l'exception notable de l'Europe du nord.